Neben einer musikalischen Ausbildung studierte er an der Steiermärkischen Landeskunstschule bei Anton Marussig. 1910 wechselte er an die Münchner Akademie und setzte seine Ausbildung bei Gabriel Hackl und Angelo Jank fort. Gemeinsam mit Franz Marc gehörte er 1913 zu den Mitbegründern der Neuen Secession in München. Zurück in Graz gründete Thöny gemeinsam mit Alfred Wickenburg die Grazer Secession und wurde ihr erster Präsident.

1931 übersiedelte er nach Frankreich und reiste 1933 erstmals nach New York, um die Familie seiner zweiten Frau zu besuchen. Nach dem „Anschluss“ 1938 übersiedelte das Paar endgültig nach New York. Tragisch war der Brand seines Kunstlagers im Jahr 1948, bei dem der Großteil seines Lebenswerks zerstört wurde.

In Frankreich der 1930er-Jahre fand Thöny zu einer sehr leichten und lockeren Malweise. Dieser für ihn so typische Spätstil ist geprägt von akzentuierter und sehr feiner Farbigkeit. Besonders bekannt wurde er durch seine Wolkenkratzer-Impressionen, die im Nachklang seiner ersten New-York-Reise entstanden.

Er erhielt zu Lebzeiten zahlreiche Auszeichnungen, darunter die Silberne und die Bronzene Medaille der Münchener Akademie, vier Österreichische Staatspreise sowie die Goldene Medaille und Ehrenurkunde der Pariser Weltausstellung 1937.